تعتبر إدارة الخوادم أحد أكثر الإدارات حيوية بعمادة تقنية المعلومات حيث أنها تتولى مسؤولية الإشراف على تنفيذ مشاريع البنية التحتية للخوادم وأنظمة التشغيل واتخاذ الإجراءات اللازمة لتشغيلها وصيانتها وإدارتها بما يضمن التواجدية على مدار الساعة، ووضع الحلول التقنية التي تدعم تقنية المعلومات على مستوى الجامعة وبقية الفروع التابعة لها.

وقد كانت انطلاقة الإدارة بتاريخ 4/ 3 /1419هـ كأحد فروع قسم خدمات الإنترنت بمركز الحاسب الآلي. وقد تم تخصيص قسم الخوادم كقسم متكامل من أقسام إدارة الشئون الفنية بتاريخ 29 /5 /1429هـ بناء على الهيكلة الجديدة المعتمدة من قبل سعادة عميد تقنية المعلومات في ذلك الوقت. ويأتي هذا التوسع في الإدارة في ظل التوسع الكبير الذي تشهده العمادة والخدمات المتعددة التي تقدمها لجميع قطاعات الجامعة ونظرا لتوسع نطاق مسؤوليات ومهام إدارة الشئون الفنية ورغبة في انجاز المهام على نحو متميز، عليه تم تخصيص إدارة الخوادم كإدارة متكاملة تحت وكالة العمادة للبنية التحتية بتاريخ 18/2 /1437 هـ وذلك بناء على الهيكلة الجديدة المعتمدة من قبل سعادة وكيل الجامعة.